En 1664 el Gran Maestro Fray Nicolás Coroner fundaba en el Gran Hospital una escuela médica y llamaba a dirigirla a José Zammit, una luminaria de su tiempo, mientras Fray Antonio Zondadari, Gran Maestre de 1720 a 1722, autorizará las primeras lecciones en cadáveres. Su sucesor, Fray Manuel de Villena, consentirá al cirujano Henín a usar cadáveres para realizar experimentos con sus estudiantes. Y cuando en 1769 el Gran Maestre Manuel Pinto da Fonseca funda la Universidad, muchos ilustres médicos europeos serán llamados a enseñar. Será un Gran Maestre, a Mediados del Siglo XVIII , quien graduará a la primera mujer médico y le consentirá ejercer la profesión de "cirujano".

Como buenos marineros los Jerosolimitanos dedicaron a los ojos y a la vista particulares atenciones. Será un maltés, José Bart, médico y científico, quien fundó en 1765 la primera cátedra de oftalmología en el mundo. Además de atención a los estudios de medicina, se darían gran impulso a la farmacopea y las galeras Juanbautistas serán las primeras en tener en sus propias tripulaciones un médico y un farmacéutico.

El cambio de los tiempos imponía, entre tanto, nuevas estrategias y nuevas obligaciones. En 1775 es elegido Gran Maestro Fray Manuel de Rohan. Francés, político y administrador atento, demostrará ser también un legislador capaz. Sería, en efecto, el autor del Código que lleva su nombre y que todavía hoy constituye una preciosa y primigenia fuente de derecho melitense.

De Rohan reorganizará la escuadra naval e instituirá en la Universidad las cátedras de Náutica y de Matemáticas. De hace tiempo Malta se había vuelto meta de jóvenes aristocráticos provenientes de todas partes de Europa, que aspiraban convertirse en oficiales de marina. La escuela de Caballeros constituirá una suerte de academia de la cual salían los mejores comandantes y futuros almirantes. Francia, sobre todo, confiará a los Juanbautistas la formación de los cuadros de la propia marina de guerra.

Pero el viento del iluminismo y la tormenta revolucionmaria que trastorna Francia, terminan por obligar a la Sacra Milicia a renunciar a aquella política que le había tenido siempre a la defensiva frente a los contragolpes originados en las diversas vicisitudes europeas. En 1794 los Estados Unidos ofrecen su protección a la Orden proponiéndole asegurarle un territorio en América , pero todo queda a nivel de proyecto. También Rusia, Francia e Iglaterra se interesan en la Isla de los Caballeros si bien sus intenciones no son del todo benévolas. Los nuevos equilibrios internacionales le vuelven , en efecto, siempre más importante desde el punto de vista estratégico.

El Gobierno no ignoraba, ciertamente, los peligros con los que tendrían que enfrentarse, entrando abiertamente, en la influencia de determinada nación, pero la situación exigía decisiones y el emperador Pablo I de Rusia entabló tratativas secretas con el Gran Maestro de Rohan para obtener un concordato que habría puesto al Hospital y a su territorio bajo el protectorado de Rusia. El tratado, suscrito en Petersburgo en enero de 1797, sancionaba una serie de informes existentes hace tiempo; tanto Pedro el Grande como la Gran Catalina, habrían buscado, en efecto, acercarse a los Jerosolimitanos. Estipulado el acuerdo, el soberano pretendió la creación de un Gran Priorato ruso. Fue el precio de la alianza y el Gran Maestre se vio obligado a ceder.

Fray Fernando von Hompesch, un Caballero de origen alemán, sucede en 1797 a Manuel de Roham. Su elección hace esperar una mayor protección de parte de Austria , pero induce a Francia a prever una influencia austriaca en la suerte de la Orden.

Ni Austria ni Rusia lograrán salvar a Malta de Napoleón. El furuto emperador de los fraceses no puede consentir que otras potencias dispongan de una base naval de aquella importancia y decide adueñarse por la fuerza. La suerte, además, estaba de su parte. La nave que transporta el pliego con despachos que el Zar enviaba al Gran Maestre con los términos del acuerdo secreto, es capturada por un buque francés a la altura de Ancona y los documentos terminan en manos del general corso. Napoleón se manifiesta indignado y acusa a la orden de connivencia con Rusia, denunciando una verdadera y propia coalición que se estaría formando contra él.

Decidido ya a posesionarse de la isla, ordena al almirante Francisco Pablo de Bruyes que conducía de Corfú a Tolón los buques requisados a la República de Venecia, forzar el bloqueo y ocupar el puerto de La Valletta. Pero el Gran Maestre reacciona con firmeza e impide que el plan de Bonaparte se ejecute.

Al anochecer del 10 de junio de 1798 la flota francesa, en viaje hacia Egipto, se presenta delante de Malta. Napoleón pide al Gran Maestro autorización para entrar en el puerto para reabastecer de agua a sus buques. La respuesta de von Hompesch no se hace esperar:.quiere que se respete la neutralidad de la Orden y replica que en base al tratado de Utrecht, en tiempo de guerra entre los estados cristianos, solamente cuatro naves a la vez pueden ser recibidas en los puertos malteses.

Napoléon no se deja impresionar y en una proclama a las tropas anuncia sus intenciones: "El Gran Maestro nos niega el agua que necesitamos -afirma indignado Bonaparte- mañana, al despuntar el día, la armada desembarcará en toda la costa accesible para ir a tomarla".

Para los Juanbautistas son horas dramáticas. A sus espaldas, 1400 piezas de artillería están listas a hacer fuego y el Gran Maestro tiene a sus órdenes 332 Caballeros. Dispone, además, de 1200 hombres del Regimiento de Malta, 300 del batallón de desembarco de las galeras, 400 de aquellos de los buques y la milicia maltesa puede poner en pie 12 mil soldados. Se podría tentar una defensa y aún con esperanza de éxito, pero esto sería una desición contraria a la Regla: levantar las armas contra otros cristianos.

Se ha hablado de incapacidad y debilidad de parte del Gran Maestro von Hompesch; algunos han insinuado una traición de los Cabnalleros franceses presentes en aquel momento en Malta, pero es difícil expresar juicios definitivos sobre una situación tan compleja y no hay muchos elementos para sostener una de esta tesis.

En una visión optimista de la historia, la aparición en la escena europea del astro de Napoleón Bonaparte podría ser considerada, desde luego, providencial. La Orden Soberana Militar de San Juan de Jerusalén , llamada de Rodas y llamada de Malta, tenía ya agotada su misión militar y, en época de exasperados nacionalismos, también en su interior comenzaban a manifestarse contrastes e incomprensiones entre los miembros de las diversas Lenguas. El pasar de los tiempos y una cierta inmovilidad, iban ya empañando el antiguo esplendor de la Sacra Milicia. Fernando von Hompesch ordena a los suyos no reaccionar y los franceses saquean la isla.

El destino de la Orden se cumple en la mañana del 12 de junio de 1798, el 24 pratile del año VI de la república francesa. A bordo del buque Orient, una diputación de siete Juanbautistas trata de la rendición con Bonaparte y se forma una "Convención" compuesta de ocho artículos. Pocas palabras. Un documento en doble copia, para dar fin a los 268 años de historia. Tantos habían transcurrido, en efecto, desde aquel 26 de octubre de 1530, en que Fray Felipe de Villiers de l'Isle-Adam, el heroico defensor de Rodas, había tomado posesión de la isla de las abejas. Dos siglos y medio durante los cuales los Juanbautistas habían dado innumerables ejemplos de abnegación, socorriendo hombres y naciones, príncipes y ciudades y ofrendando a la causa de la cristiandad un altísimo tributo de sangre. Más allá de formales e inútiles protestas de varios gobiernos, ninguno parece preocuparse de cuanto está sucediendo. Ingrata como siempre, Europa se interesa solamente en definir a quién deberá pertenecer aquel escollo puesto en el centro del Mediterráneo.

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