L’ordine di San Giovanni fu istituito prima della conquista di Gerusalemme (1099) da parte degli eserciti della Prima Crociata come comunità monastica dedicata a San Giovanni Battista, che amministrava un ospizio o infermeria per l’assistenza ai pellegrini in Terrasanta.

In un primo tempo legata spiritualmente ai Benedettini, la comunità divenne in seguito, sotto il Beato Gerardo, autonoma. Con la bolla del 15 febbraio 1113 indirizzata a Gerardo, il Papa Pasquale II approvò la fondazione dell’Ospedale di San Giovanni, lo pose sotto la tutela della Santa Sede e gli assicurò il diritto di eleggere liberamente i suoi capi, i successori di Gerardo, senza interferenza di altre autorità religiose o laiche. In virtù di tale Bolla e di altri successivi atti papali, l’Ospedale divenne Ordine esente della Chiesa.

La situazione politica seguita dalla costituzione, ad opera dei Crociati, del Regno Unito di Gerusalemme costrinse l’Ordine sotto il suo secondo Superiore Fra’ Raymond du Puy (che fu il primo a denominarsi Maestro) ad assumere la difesa militare dei malati, dei pellegrini e dei territori cristiani sottratti dai Crociati ai Mussulmani. Fu così che l’Ordine dell’Ospedale di San Giovanni assunse carattere di Ordine di cavalleria: i Cavalieri erano anche religiosi legati dai tre voti monastici di Povertà, di Castità e di Obbedienza. Sicché l’Ordine divenne persona mixta, insieme religioso e militare.

A Fra’ Raymond du Puy si deve la prima regola nota e l’adozione della croce ottagona ancor oggi simbolo giovannita (Croce di Malta).

Pur prodigandosi nel vasto campo dell’attività ospedaliera (l’obsequium pauperum) il servizio dei poveri una delle sue due finalità, l’Ordine perseguì efficacemente nell’altro e cioé la difesa della Cristianità (la tuitio fidei). Ciononostante, nel 1291 San Giovanni d’Acri, ultimo baluardo cristiano in Terrasanta, fu perduto, e l’Ordine si stabilì in Cipro.

Dal 1308 al 1522 l’Ordine dominò poi sull’isola di Rodi e, dal 1530 al 1798 sull’arcipelago maltese. Fin dagli inizi l’indipendenza dagli altri Stati, in virtù di atti pontifici, unitamente al diritto, universalmente riconosciuto, di mantenere e di impiegare forze armate, costituirono la base della sovranità internazionale dell’Ordine.

L’Ordine era governato dal Gran Maestro e dal Consiglio, batteva moneta e intratteneva rapporti diplomatici con gli altri Stati. Il Gran Maestro era Principe di Rodi, e in seguito Principe di Malta.

Nel 1607 e di nuovo nel 1620, alla dignità di Gran Maestro fu aggiunto il titolo di Principe del Sacro Romano Impero e nel 1630 rango equivalente alla dignità di Cardinale della Santa Romana Chiesa, con l’appellativo di Eminenza.

Perduta Malta a seguito delle conquiste napoleoniche, dopo aver risieduto temporaneamente a Messina, a Catania e a Ferrara, l’Ordine si stabilì a Roma dove possiede, garantiti da extraterritorialità, il Palazzo di Malta, in Via Condotti 68, e la Villa sull’Aventino.

Dopo il 1805 l’Ordine è stato governato dai Luogotenenti, ma nel 1879 il Papa Leone XIII ristabilì la dignità di Gran Maestro e gli annessi onori cardinalizi, mentre l’art. 38, R.D. 7 giugno 1941 n. 651 gli ha riconosciuto il titolo di "Altezza Eminentissima". L’originaria finalità dell’assistenza ospedaliera è divenuta la finalità principale dell’Ordine. Le attività ospedaliere e caritative, svolte su larga scala durante la Prima Guerra Mondiale, sono state estese, durante la Seconda Guerra Mondiale, sotto il Gran Maestro Fra’ Ludovico Chigi della Rovere Albani. E sono state ancora più intensificate sotto il Gran Maestro Fra’ Angelo de Mojana di Cologna (1962-1988) il cui successore è l’attuale Principe e Gran Maestro, Fra’ Andrew Bertie.

L’Ordine non ha mai cessato di essere riconosciuto dalla Comunità delle nazioni quale Ente sovrano e indipendente. Attualmente l’Ordine intrattiene rapporti diplomatici a livello di ambasciate con 83 Stati, compresa la Repubblica Italiana.

L’Ordine ha inoltre rapporti ufficiali, a livello di Ambasciatore, con la Federazione Russa, ed è accreditato anche da Rappresentati o Delegati in Belgio, Francia, Lussemburgo, Principato di Monaco, Germania, Svizzera e presso il Consiglio d’Europa e la Commissione dell’Unione Europea.

Dal 1994 è stato ammesso come Osservatore permanente presso le Nazioni Unite e come tale mantiene Delegazioni Permanenti presso le Organizzazioni Internazionali a New York, a Ginevra, a Parigi, a Roma e a Vienna.

L’Ordine, quale Ente sovrano, è portatore di un proprio ordinamento giuridico originario, detto ordinamento melitense, che si esprime nella consueta articolazione dei tre poteri.

Quello legislativo appartiene al Capitolo Generale, cui spetta tra l’altro il potere di emendare la Carta costituzionale e il Codice melitense, che costituiscono le leggi fondamentali dell’Ordine.

Il potere esecutivo appartiene al Sovrano Consiglio, presieduto dal Gran Maestro e formato da cavalieri eletti dal Capitolo Generale. Esso è l’organo di governo e può anche legiferare nelle materie non disciplinate dalla Carta costituzionale e dal Codice. Il Sovrano Consiglio erige gli enti pubblici melitensi, che perseguono i fini istituzionali dell’Ordine, approvandone gli Statuti.

L’ACISMOM, che gestisce l’Ospedale S. Giovanni Battista, è appunto un ente pubblico melitense.

Il potere giurisdizionale è esercitato dai Tribunali di prima istanza e di appello, formati da giudici nominati dal Sovrano Consiglio tra i membri dell’Ordine esperti di diritto.